生物肥料（微生物肥料）的種類較多，按照制品中特定的微生物種類可分為細菌肥料（如根瘤菌肥、固氮菌肥）、放線菌肥料（如抗生菌肥料）、真菌類肥料（如菌根真菌）；按其作用機理分為根瘤菌肥料、固氮菌肥料（自生或聯(lián)合共生類）、解磷菌類肥料、硅酸鹽菌類肥料；按其制品內(nèi)含分為單一的微生物肥料和復(fù)合（或復(fù)混）微生物肥料。復(fù)合微生物肥料又有菌、菌復(fù)合，也有菌和各種添加劑復(fù)合的。
        中國目前市場上出現(xiàn)的品種主要有：固氮菌類肥料、根瘤菌類肥料、解磷微生物肥料、硅酸鹽細菌肥料、光合細菌肥料、芽胞桿菌制劑、分解作物秸稈制劑、微生物生長調(diào)節(jié)劑類、復(fù)合微生物肥料類、與PGPR類聯(lián)合使用的制劑以及AM菌根真菌肥料、抗生菌5406肥料等。
        生物肥料的特點：微生物肥料是一類活菌制品，它的效能無不與其菌類活性及使用方法有直接的關(guān)系。（1）料的核心是指品種特定的有效的活微生物，任何一款產(chǎn)品的有效活菌數(shù)都有明確的規(guī)定，有效活菌數(shù)降到一定數(shù)量時，它的作用也就沒有了。（2）微生物肥料是一類農(nóng)用活菌制劑，從生產(chǎn)到使用都要注意給產(chǎn)品中微生物一個生存的合適環(huán)境，主要是水分含量、酸堿度、溫度、載體中殘?zhí)呛俊b材料等等。（3）微生物肥料作為活菌制劑有一個有效期問題。此類產(chǎn)品剛生產(chǎn)出來時活菌含量較高，但隨著保存時間和不同的運輸、保存條件的變化，產(chǎn)品中的有效微生物數(shù)量逐漸減少，當減到一定數(shù)量時其有效作用顯示不出來。因此，規(guī)定產(chǎn)品的有效期和正確使用意義重大。（4）意適用作物和適用地區(qū)，是保證微生物肥料有效作用的重要保證。提倡有針對性地選育生產(chǎn)菌種，例如針對堿性土壤、酸性土壤的菌種，或是針對某特定作物的菌種。
        除此之外，在施用技術(shù)上還要引起注意，同時也一定要看清產(chǎn)品是否有市場準入證。生物有機復(fù)合肥是汲取傳統(tǒng)有機肥料之精華，結(jié)合現(xiàn)代生物技術(shù)，加工而成的高科技產(chǎn)品。其營養(yǎng)元素集速效、長效、增效為一體，具有提高農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)、抑制土傳病害、增強作物抗逆性、促進作物早熟的作用，其主要特點是：
        一是無污染、無公害。生物復(fù)合肥是天然有機物質(zhì)與生物技術(shù)的有效組合。它所包含的菌劑，具有加速有機物質(zhì)分解作用，為作物制造或轉(zhuǎn)化速效養(yǎng)分提供“動力”。同時菌劑兼具有提高化肥利用率和活化土壤中潛在養(yǎng)分的作用。
        二是配方科學、養(yǎng)分齊全。生物有機復(fù)合肥料一般是以有機物質(zhì)為主體，配合少量的化學肥料，按照農(nóng)作物的需肥規(guī)律和肥料特性進行科學配比，與生物“活化劑”完美組合，除含有氮、磷、鉀大量營養(yǎng)元素和鈣、鎂、硫、鐵、硼、鋅、硒、鉬等中微量元素外，還含有大量有機物質(zhì)、腐殖酸類物質(zhì)和保肥增效劑，養(yǎng)分齊全，速緩相濟，供肥均衡，肥效持久。
        三是活化土壤、增加肥效。生物肥料具有協(xié)助釋放土壤中潛在養(yǎng)分的功效。對土壤中氮的轉(zhuǎn)化率達到5—13.6%；對土壤中磷、鉀的轉(zhuǎn)化率可達到7—15.7%和8—16.6%。
        四是低成本、高產(chǎn)出。在生育期較短的第三、四積溫帶，生物有機復(fù)合肥可替代化肥進行一次性施肥，降低生產(chǎn)成本。如大豆每畝施用生物復(fù)合專用肥30—40kg，玉米每畝施用專用肥50—75kg，一次性作底肥施入，不需追肥，既節(jié)省投資，又節(jié)省投工。與常規(guī)施用化肥相比，在等價投入的情況下，糧食作物每畝可增產(chǎn)10—20%。
        五是提高產(chǎn)品品質(zhì)、降低有害積累。由于生物復(fù)合肥中的活化劑和保肥增效劑的雙重作用，可促進農(nóng)作物中硝酸鹽的轉(zhuǎn)化，減少農(nóng)產(chǎn)品硝酸鹽的積累。與施用化學肥料相比，可使產(chǎn)品中硝酸鹽含量降低20—30%，VC含量提高30—40%，可溶性糖可提高1—4度。產(chǎn)品口味好、保鮮時間長、耐儲存。
        六是有效提高耕地肥力、改善土壤供肥環(huán)境。生物肥中的活化菌所溢出的孢外多糖是土壤團粒結(jié)構(gòu)的粘合劑，能夠疏松土壤，增強土壤團粒結(jié)構(gòu)，提高保水保肥能力，增加土壤有機質(zhì)，活化土壤中的潛在養(yǎng)分。
        七是抑制土傳病害。生物肥能促進作物根際有益，微生物的增殖，改善作物根際生態(tài)環(huán)境。有益微生物和抗病因子的增加，還可明顯地降低土傳病害的侵染，降低重茬作物的病情指數(shù)，連年施用可大大緩解連作障礙。
        八是促進作物早熟。
        生物肥料的作用：生物肥料（微生物肥料）的功效是一種綜合作用，主要是與營養(yǎng)元素的來源和有效性有關(guān)，或與作物吸收營養(yǎng)、水分和抗病（蟲）有關(guān)。總體來說，生物肥料（微生物肥料）的作用為以下幾點：1．增進土壤肥力施用固氮微生物肥料，可以增加土壤中的氮素來源；解磷、解鉀微生物肥料，可以將土壤中難溶的磷、鉀分解出來，轉(zhuǎn)變?yōu)樽魑锬芪绽玫牧?、鉀化合物，改善作物的營養(yǎng)條件。2．制造和協(xié)助農(nóng)作物吸收營養(yǎng)根瘤菌侵染豆科植物根部，固定空氣中的氮素。微生物在繁殖中能產(chǎn)生大量的植物生長激素，刺激和調(diào)節(jié)作物生長，使植株生長健壯，促進對營養(yǎng)元素的吸收。3．增強植物抗病和抗旱能力微生物肥料由于在作物根部大量生長繁殖，抑制或減少了病原微生物的繁殖機會；抗病原微生物的作用，減輕作物的病害；微生物大量生長，菌絲能增加對水分的吸收，使作物抗旱能力提高。4．減少化肥的使用量和提高作物品質(zhì)使用微生物肥料后對于提高農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)，如蛋白質(zhì)、糖分、維生素等的含量上有一定作用，有的可以減少硝酸鹽的積累。在有些情況下，品質(zhì)的改善比產(chǎn)量提高好處更大。